Re: [Admin-ml] Apple et le marché de l'Entreprise

Christian Simon christian.simon at upmc.fr
Sam 13 Nov 22:27:11 CET 2010


Le 11 nov. 2010 à 01:19, Patrick Proniewski a écrit :

> Et des solutions de calculs distribués sur des stations ?

Ca ne marche pas pour tous les types de calculs que nous faisons.

Le Monte-Carlo, ou la dynamique moléculaire _classique_ c'est bon. Et même, ça peut passer
sur des stations isolées, si elles ont assez de RAM.
(exemple de codes : DLPOLY, AMBER, GROMACS...)

Mais, dès qu'il s'agit de dynamique moléculaire _quantique_ (DFT pour être précis),
les codes passent leur temps à faire des FFT3D (directes et inverses), 
et dans une moindre mesure de l'algèbre linéaire.
(codes VASP, CPMD, ABINIT, CP2K)

Le parallélisme est très strict avec une synchro forte, et la latence des communications est critique (plutôt que le débit) :
- sur de l'éthernet avec des latences de quelques centaines de microsecondes pour des paquets de 16 ko,
c'est dramatiquement pénalisant : les CPU passent leur temps à s'attendre les uns les autres.
- sur du Myrinet ou de l'Infiniband, les latences sont de quelques microsecondes seulement, on utilise pleinement les CPU.

Donc il faut racker.

Peut-être le passage par les GPU. Mais là, ce n'est plus de ma compétence. La dernière fois que je me suis renseigné,
l'arithmétique était en simple précision, alors qu'ils nous faut du double...
Et puis 8 coeurs sur une carte mère avec un unique contrôleur mémoire, ce n'est pas pareil
que 4x2 coeurs dans 4 lames avec une liaison rapide : ça fait un goulet de plus.

La solution mentionnée par Fabien Combernous de mettre des MacPro dans des étagères,
comme à Virginia Tech, c'est "retour vers le futur" : la dernière fois que j'ai vu faire ça, c'était en 1997...
Et a priori, les postes individuels n'ont pas la fiabilité pour travailler dans ces conditions de densité.
Et bonjour les longueurs de fibres...
Et puis je n'ai pas la surface pour ça : Paris, c'est pas la Virginie...

Je ne vois pas encore la solution (à part un retour aux grappes PC sous Linux), mais on trouvera.
Enfin bref, c'est reparti pour un an de benchmark et bidouilles. 
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Christian 






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